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L'affréteur peut également être tenu responsable des dommages causés au navire par la marchandise transportée.
Certaines marchandises, comme les produits chimiques toxiques ou les acides, sont intrinsèquement dangereuses, mais lorsqu'elles sont emballées et scellées conformément aux directives, elles ne présentent qu'un risque minime. Il existe cependant des types de marchandises qui ne seraient normalement pas qualifiées de dangereuses, mais peuvent causer des dommages si elles ne sont pas manipulées correctement.
L'affréteur est dans l'obligation d'informer le transporteur et la notification des caractéristiques dangereuses de la cargaison a pour but de permettre au transporteur de prendre toutes précautions nécessaires pour : assurer le transport en toute sécurité ou la refuser s'il n'est pas en capacité de le faire.
L'assurance Damage to Hull couvre les réclamations en cas de dommages directs ou de perte totale du navire d’une part, et les réclamations dites de dommages indirects d’autre part.
Les « pertes indirectes » sont celles qu'un propriétaire de navire peut subir en raison des conséquences des dommages physiques causés au navire, à condition qu'il existe un lien de causalité entre les dommages causés au navire et la perte.
Les clauses de charte-partie prévoient très fréquemment que les affréteurs sont responsables du chargement, de l’arrimage et/ou du déchargement de la cargaison et qu’ils seront responsables de toute perte ou dommage causé au navire en conséquence.